Schäden an Mosaiken treten vor allem durch Witterungseinflüsse (Hitze - Frost im Wechsel, Nässe) auf und bestehen in Hohlstellen unter der Mosaiksetzung, Fehlstellen (herausgefallene Mosaiksteinchen), beschädigten Tesserae (Mosaiksteinchen) und Verschmutzung.
Voraussetzung von erfolgreicher Restaurierung ist das in vier Generationen entstandene umfangreiche Lager von Mosaiksteinchen von Mosaik Pfefferle, das den Ersatz jeder Farbnuance gestattet, die im Originalmosaik in Verlust geraten ist. So können etwa Nazarenermosaike mit Originalsteinchen aus der Zeit um 1900 ergänzt werden.
Eine Restaurierung besteht im Hinterfüllen oder Neuverlegen von Hohlstellen, im Ergänzen fehlender Tesserae bei Fehlstellen und im Neusetzen beschädigter Steinchen – vor allem von Goldmaterial nach Abspringen der Deckglasschicht und des Blattgoldes. Das gesamte Mosaik wird zum Schutz vor neuerlichen Beschädigungen mit Bindematerial ausgefugt und gründlich gereinigt.
In den letzten vierzig Jahren wurden von MOSAIK PFEFFERLE zahlreiche Restaurierungen durchgeführt.
Durchgeführte Mosaikrestaurationen
Wappengalerie an der Tormauer des Rathauses von Hall in Tirol (1977)
Fassadenmosaik an der Pfarrkirche von Imsterberg, Tirol
Fassadenmosaik am Schloss Tanzenberg, Kärnten (1978)
„Guldenmadonna“ – Mosaik an der Pfarrkirche Oberperfuß, Tirol
Mosaikmedaillon an der Pfarrkirche Kufstein, Tirol
Mosaikumrandung des Priestergrabes von Schwaz, Tirol
Fassadenmosaik am Ursulinenhof, Innsbruck
Mosaikbild am Veranstaltungsgebäude Innrain, Innsbruck
Nazarenisches Großmosaik am Kloster der ewigen Anbetung, Innsbruck
Notburgabilder auf der Wallfahrtskirche Eben am Achensee
Mosaik an der Pfarrkirche Pfaffenhofen, Tirol
Portalmosaik an der Klosterkirche Maria-Theresienstraße, Innsbruck
Fassadenbild Kirche Hochgallmig bei Landeck
Hofportal Tiroler Glasmalerei und Mosaikanstalt, Innsbruck
Portalmosaik Kirche Hatting
Gibelbild Reith bei Seefeld (1986)
Fassadenmosaik Gemeindebau Wien XI, Simmering
Apsiss Kirche zur ewigen Anbetung, Innsbruck
Kriegerdenkmal Hörzendorf, Kärnten (1987)
Franziskanerkirche Telfs, Tirol, Fassade
Palastmosaiken Istambul sechste bis achte Arbeitsperiode (1988-1990)
Forstnermosaik St. Georg, Stockerau, Niederösterreich
Gheri-Madonna Dormitz, Nassereith (1990)
Solerti-Mosaik Pfarrkirche Breitenfeld am Gürtel, Wien (1990)
Alte Pfarrkirche Völs, Tirol (1991)
Kalvarienbergkirche Zirl, Fassadenmosaik (1991)
Wiener-Allianz-Gebäude, Innsbruck, neun Mosaikplatten (1991)
Marienbild Hötting, Hauswand (1991)
Madonnenbild St. Nikolaus, Innsbruck
Kolpinghaus Hall in Tirol, Josef mit Kind
Pfarrkirche Zirl, Stifterbilder (1993)
Fassadenmosaik Laaerbergbad, Wien Favoriten, künstlerische Aufsicht (1994)
Herz Jesu, Kirche Stans in Tirol (1995)
Grabstätte Hellmer (von Forster), Stockerau Niederösterreich (1995)
Mosaikfassade Innsbruck Maria-Theresienstraße 10 (1995)
Innenmosaik Geigerschlössl, Zirl (1998)
„Guldenmadonna“ – Mosaik an der Pfarrkirche Oberperfuß, Tirol (2000)
St. Notburga Widum Flaurling, Tirol (2003)
Der Gute Hirte –Tafelbild (2006)
Portalmosaik Glasmalerei Innsbruck (2008)
Schon Josef Pfefferle sen. (1862-1939) war restauratorisch tätig, etwa durch Arbeiten an den mittelalterlichen Mosaiken am Veitsdom in Prag, Josef Pfefferle jun. (1903-1988) renovierte Mosaiken der vorletzten Jahrhundertwende und durch Kriegseinwirkung (Bombardierung) beschädigte Werke.
Hans Pfefferle (geb. 1950) führte insgesamt vierzig zum Teil sehr umfangreiche Mosaikrestaurationen durch, unter wachsender Mitarbeit von Sohn Roman (geb. 1977) und Tochter Doris (geb. 1978).
In Tirol sind besonders zu nennen die „Guldenmadonna“ an der Fassade der Kirche von Operperfuß, das Nazarenische Großmosaik am Kloster zur Ewigen Anbetung, Innsbruck und die Notburgabilder an der Wallfahrtskirche Eben am Achensee. In Wien das Fassadenmosaik am Gemeindebau Simmeringer Hauptstraße, das Solerti-Mosaik an der Pfarrkirche Breitenfeld am Gürtel und das Laaerbergbad in Favoriten, im übrigen Österreich das Fassadenmosaik am Schloss Tanzenberg, Kärnten und das Forstnermosaik St. Georg in Stockerau, Niederösterreich. 1988 bis 1990 nahm Hans Pfefferle im Auftrag der Akademie der Wissenschaften an der Restaurierung der Römischen Kaiserpalastmosaiken in Istanbul teil.